Phó Giám đốc Trung tâm là người giúp Giám đốc Trung tâm phụ trách một hoặc một số lĩnh vực công tác do Giám đốc Trung tâm phân công, chịu trách nhiệm trước Giám đốc Trung tâm và trước pháp luật về kết quả công tác được phân công. Khi Giám đốc Trung tâm vắng mặt, Phó Giám đốc được Giám đốc ủy nhiệm điều hành các hoạt động của Trung tâm.

Phụ trách quản lý, chỉ đạo điều hành và chịu trách nhiệm các hoạt động theo quy định hiện hành của pháp luật, của cơ quan đơn vị: Khoa Y tế công cộng, Phòng Dân số - Truyền thông và Giáo dục sức khỏe, hoạt động chương trình y tế cơ sở tại các Trạm Y tế phường/ xã, công tác Y tế ngoại tuyến và một số hoạt động khác.